Die Organistin und Organisten sind in enger Zusammenarbeit mit den Pfarrpersonen für die musikalische Gestaltung der vielfältigen Gottesdienste verantwortlich. Sie decken das breite musikalisches Spektrum von traditioneller Kirchenmusik, über Begleitung von Chören und Instrumentalisten bis zu neuzeitlichen, musikalischen Formen ab. Sie spielen mit der Orgel, am Klavier und Flügel bei kirchlichen Veranstaltungen auch mit Kindern und Jugendlichen mit. Ihnen obliegt auch der Unterhalt der von ihnen benutzten Orgel und Musikinstrumente.
Verena Pfenninger ist seit dem 20. Juni 1997 Organistin in der Kirchgemeinde Muhen.
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Peter Lüscher ist seit dem 1. Oktober 2010 Organist der Kirchgemeinde Muhen.